PHARMACOPHORE

PHARMACOPHORE
Farmakofor adalah sekumpulan fitur sterik dan elektronik yang penting untuk menjamin interaksi supramolekular yang optimal dengan struktur target biologis yang spesifik dan untuk memicu atau menghambat respons biologisnya. Farmakofor sebagai dasar untuk mendesain suatu obat baru (IUPAC, 1998).
Tujuan farmakofor:
  1. Menemukan gugus penting yang berikatan dengan reseptor
  2. Menemukan posisi relatif dalam ikatan gugus
  3. Untuk mengetahui konformasi aktif
  4. Penting untuk mendesain obat
  5.  Penting untuk menemukan obat baru
Penentuan Fitur Farmakofor Reseptor dan Ligan 
Farmakofor menurut IUPAC adalah faktor sterik dan elektronik yang diperlukan untuk memastikan terjadinya interaksi molekuler optimal dengan struktur target biologis spesifik sebagai penginduksi atau penghambat respon biologis (Mannhold et al, 2006). 
Kajian Fitur Farmakofor 
Tujuan dari penyusunan query farmakofor adalah untuk menjelaskan struktur 3D fiturpirazolo-[3,4-d]- pirimidin menggunakan senyawa turunannya yang penting untuk pengikatan dengan reseptor dengan menghasilkan farmakofor dan untuk mengukur fitur struktur dari Mer yang penting untuk aktivitas biologis dengan melihat residu asam amino yang berperan pada pengikatan. Untuk penyusunan farmakofor menggunakan Pharmacophore Query Editor dan Protein-Ligand Interaction Fingerprint pada Program MOE.Farmakofor hipotetik yang dihasilkan juga akan menjelaskan pengikatan ligan dalam situs pengikatan atau katalitik dari reseptor. Oleh karena itu, digunakan konformasi yang telah dioptimasi yang memiliki struktur paling stabil. 
Docking Molekuler 
Pendekatan yang digunakan adalah semi rigid, dimana struktur protein dibuat rigid sedangkan ligan fleksibel. Metode pendekatan ini akan memberikan kemungkinan interaksi dalam berbagai konformasi ligan sehingga memungkinkan untuk mendapatkan hasil yang terbaik. Jumlah bentuk konformasi yang memungkinkan sesuai dengan banyaknya ikatan rotatabel yang ada (Patrick 2009). Tahapan prosedur docking terdiri dari tiga langkah, yaitu preparasi ligan, preparasi protein dan simulasi docking
Kajian Docking Molekuler 
Sebelum dilakukan docking, molekul target harus dipreparasi terlebih dahulu. Molekul yang telah didownload dari situs rscb ditampilkan pada jendela MOE. Agar tidak mengganggu proses docking, molekul-molekul air sebaiknya dihilangkan sehingga dipastikan yang berantaraksi adalah molekul uji sebagai ligan dan molekul target.
Referensi:
Mannhold R, Kubinyi H dan Folkers G. 2006. Pharmacophore and Pharmacophore Searches. Wiley –VCH, Weinheim, 3.
Tjahyono, D.H dan N.Hamzah. 2013. Studi Hubungan Kuantitatif Struktur-Aktivitas, Fitur Farmakofor, dan Docking Molekuler Senyawa Turunan Pirazolo-[3,4-d]-pirimidin sebagai Inhibitor Mer Tirosin Kinase. Acta Pharmaceutica Indonesia. Vol. XXXVIII, No. 1.
Pertanyaan:
1.Apa yang dimaksud dengan interaksi ligan?
2.Apa yang dipertimbangkan dalam membuat fitur farmakofor?
3.Jelaskan tahapan docking molekuler?

Komentar

  1. Liddini Tirsa Fatwa1 Desember 2018 pukul 05.21

    Artikelnya bagus sekali, sangat menambah wawasan yahh

    BalasHapus
  2. Ovi amelia1 Desember 2018 pukul 08.32

    Interaksi ligan adalah interaksi antara molekul sederhana yang dalam senyawa kompleks bertindak sebagai donor pasangan elektron (basa Lewis). ligan akan memberikan pasangan elektronnya kepada atom pusat yang menyediakan orbital kosong. interaksi antara ligan dan atom pusat menghasilkan ikatan koordinasi.
    Ligan adalah molekul sederhana yang dalam senyawa kompleks bertindak sebagai donor pasangan elektron (basa Lewis). ligan akan memberikan pasangan elektronnya kepada atom pusat yang menyediakan orbital kosong. interaksi antara ligan dan atom pusat menghasilkan ikatan koordinasi. jenis-jenis ligan ialah monodentat, bidentat dan polidentat.

    BalasHapus
  3. Unknown1 Desember 2018 pukul 08.42

    Ligan adalah molekul sederhana yang dalam senyawa kompleks bertindak sebagai donor pasangan elektron (basa Lewis). ligan akan memberikan pasangan elektronnya kepada atom pusat yang menyediakan orbital kosong. interaksi antara ligan dan atom pusat menghasilkan ikatan koordinasi

    BalasHapus
  4. Irma suryani1 Desember 2018 pukul 08.52

    Hay Putri saya akan menjawab nmor 1

    Interaksi ligan adalah interaksi antara molekul sederhana yang dalam senyawa kompleks bertindak sebagai donor pasangan elektron (basa Lewis). ligan akan memberikan pasangan elektronnya kepada atom pusat yang menyediakan orbital kosong. interaksi antara ligan dan atom pusat menghasilkan ikatan koordinasi.
    Ligan adalah molekul sederhana yang dalam senyawa kompleks bertindak sebagai donor pasangan elektron (basa Lewis). ligan akan memberikan pasangan elektronnya kepada atom pusat yang menyediakan orbital kosong. interaksi antara ligan dan atom pusat menghasilkan ikatan koordinasi. jenis-jenis ligan ialah monodentat, bidentat dan polidentat.

    BalasHapus
    Balasan
    1. Putri Zulfa1 Desember 2018 pukul 10.27

      Bearti jika ligan tidak memberi pasangan elektronnya, ligan tidak bisa berinteraksi ya?

      Hapus
  5. HALIMAH TUSSAKDIAH1 Desember 2018 pukul 08.54

    2. Fitur farmakofor dibuat dengan mempertimbangkan model PLIF (Protein Ligand Interaction Features). Sidik jari interaksi protein dengan ligan dibuat dengan menggunakan 4 struktur protein yang diunduh dari situs RSCB PDB. Seluruh struktur kemudian dibuka pada Jendela MOE dan disejajarkan sehingga rantai yang memiliki struktur yang sama yang akan bergerak bersama-sama sebagai satu unit. Dengan cara ini kompleks protein-ligan dapat disejajarkan. File kemudian disimpan sebagai database dan dilakukan analisis PLIF. Fitur farmakofor ditentukan melalui tiga tahapan yaitu membuat database konformasi dengan menggunakan satu set senyawa yang telah dioptimasi, membuat Query pharmacophore dengan memilih titik anotasi berdasarkan pengikatan ligan protein yang hasil analisis PLIF, kemudian penyempurnaan struktur Query yang dapat hit dengan konformasi senyawasenyawa aktif.

    BalasHapus
    Balasan
    1. Putri Zulfa1 Desember 2018 pukul 15.40

      Bearti penentuannya menggunakan suatu aplikasi?

      Hapus
  6. berniketarigan1 Desember 2018 pukul 08.59

    . Fitur farmakofor dibuat dengan mempertimbangkan model PLIF (Protein Ligand Interaction Features). Sidik jari interaksi protein dengan ligan dibuat dengan menggunakan 4 struktur protein yang diunduh dari situs RSCB PDB. Seluruh struktur kemudian dibuka pada Jendela MOE dan disejajarkan sehingga rantai yang memiliki struktur yang sama yang akan bergerak bersama-sama sebagai satu unit. Dengan cara ini kompleks protein-ligan dapat disejajarkan. File kemudian disimpan sebagai database dan dilakukan analisis PLIF. Fitur farmakofor ditentukan melalui tiga tahapan yaitu membuat database konformasi dengan menggunakan satu set senyawa yang telah dioptimasi, membuat Query pharmacophore dengan memilih titik anotasi berdasarkan pengikatan ligan protein yang hasil analisis PLIF, kemudian penyempurnaan struktur Query yang dapat hit dengan konformasi senyawasenyawa aktif.

    BalasHapus
  7. caca arz1 Desember 2018 pukul 09.51

    Interaksi ligan adalah interaksi antara molekul sederhana yang dalam senyawa kompleks bertindak sebagai donor pasangan elektron (basa Lewis). ligan akan memberikan pasangan elektronnya kepada atom pusat yang menyediakan orbital kosong. interaksi antara ligan dan atom pusat menghasilkan ikatan koordinasi.
    Ligan adalah molekul sederhana yang dalam senyawa kompleks bertindak sebagai donor pasangan elektron (basa Lewis). ligan akan memberikan pasangan elektronnya kepada atom pusat yang menyediakan orbital kosong. interaksi antara ligan dan atom pusat menghasilkan ikatan koordinasi. jenis-jenis ligan ialah monodentat, bidentat dan polidentat.

    BalasHapus
  8. dianlestari1 Desember 2018 pukul 10.14

    hay putri saya akan mencoba menjwab nmr 1 Interaksi ligan adalah interaksi antara molekul sederhana yang dalam senyawa kompleks bertindak sebagai donor pasangan elektron (basa Lewis). ligan akan memberikan pasangan elektronnya kepada atom pusat yang menyediakan orbital kosong. interaksi antara ligan dan atom pusat menghasilkan ikatan koordinasi.

    BalasHapus
  9. Yustika Trisna1 Desember 2018 pukul 10.20

    Hallo Putri.
    Artikelnya sangat bermanfaat. Terimakasih

    BalasHapus
  10. Aikurniati59@gmaol.com1 Desember 2018 pukul 10.37


    Interaksi ligan adalah interaksi antara molekul sederhana yang dalam senyawa kompleks bertindak sebagai donor pasangan elektron (basa Lewis). ligan akan memberikan pasangan elektronnya kepada atom pusat yang menyediakan orbital kosong. interaksi antara ligan dan atom pusat menghasilkan ikatan koordinasi. 
    Ligan adalah molekul sederhana yang dalam senyawa kompleks bertindak sebagai donor pasangan elektron (basa Lewis). ligan akan memberikan pasangan elektronnya kepada atom pusat yang menyediakan orbital kosong. interaksi antara ligan dan atom pusat menghasilkan ikatan koordinasi. jenis-jenis ligan ialah monodentat, bidentat dan polidentat.

    BalasHapus
  11. Widya Herru1 Desember 2018 pukul 12.53

    Artikel yg sgt bermanfaat. termakasih :)

    BalasHapus
  12. cindy kartika1 Desember 2018 pukul 15.11

    hy putriartikel anda sangat membantu saya
    terimakasih

    BalasHapus
  13. Mega1 Desember 2018 pukul 16.11

    Haii putri, pemaparan materi yg mudah di pahamin, shga sy bsa menjawab tgs2 sy,
    Terimaksih yaa

    BalasHapus

Posting Komentar

Postingan populer dari blog ini

PEPTIDA DAN PEPTIDAMIMETIC

Gambar
Peptida didefinisikan sebagai senyawa alami yang tersusun dari beberapa monomer asam amino yang tergabung dan saling berikatan melalui ikatan peptida atau amida. Beberapa peptida secara biologi aktif dan berguna untuk meningkatkan status kesehatan manusia dan hewan yang biasa disebut sebagai peptida bioaktif. Meskipun beberapa peptida bebas sudah tersedia secara alamiah, kebanyakan peptida bioaktif masih terikat dalam protein asal dan dilepaskan melalui proses enzimatik atau hidrolisis (Sanchez & Vasquez 2017). Suatu peptida adalah suatu amida yang dibentuk dari dua asam amino atau lebih.Ikatan amida diantara suatu gugus α-amino dari suatu asam amino dan gugus karboksil dari asam amino lain disebut ikatan peptida. Contoh peptida berikut yang dibentuk dari alanina dan glisina disebut alanil glisina. Menggambarkan pembentukan suatu ikatan peptida. Sintesis Peptida Peptida pertama kali disintesis oleh Emil Fisher pada tahun 1902.Juga mengemukakan gagasan bahwa protein adalan...
Baca selengkapnya

RAPID (Randomized Pharmacophore Identification for Drug Design)

RAPID (Randomized Pharmacophore Identification for Drug Design) Konsep farmakofor pertama kali diperkenalkan pada tahun 1909 oleh   Ehrlich yang mendefinisikan farmakofor sebagai kerangka molekul yang membawa (phoros) fitur penting yang bertanggungjawab terhadap aktivitas biologis obat (Yang, 2010:1). Farmakofor menurut IUPAC adalah faktor sterik dan elektronik yang diperlukan untuk memastikan terjadinya interaksi molekuler secara optimal dengan struktur target biologis spesifik sebagai penginduksi atau penghambat respon biologis (Mannhold et al., 2006). Berikut ini merupakan langkah-langkah dalam penentuan struktur-strukturprotein dan ligannya: Penentuan Sidik Jari Inter aksi Ligan Protein (Protein-Ligand Interaction Fingerprint/PLIF) Sidik jari interaksi protein dengan ligan dibuat dengan menggunakan struktur-struktur protein yang diunduh dari situs RCSB PDB (Protein Data Bank). Seluruh struktur kemudian dibuka pada jendela MOE dandisejajarkan (superpose) sehingga ranta...
Baca selengkapnya