RAPID (Randomized Pharmacophore Identification for Drug Design)
RAPID (Randomized Pharmacophore Identification for Drug Design) Konsep farmakofor pertama kali diperkenalkan pada tahun 1909 oleh Ehrlich yang mendefinisikan farmakofor sebagai kerangka molekul yang membawa (phoros) fitur penting yang bertanggungjawab terhadap aktivitas biologis obat (Yang, 2010:1). Farmakofor menurut IUPAC adalah faktor sterik dan elektronik yang diperlukan untuk memastikan terjadinya interaksi molekuler secara optimal dengan struktur target biologis spesifik sebagai penginduksi atau penghambat respon biologis (Mannhold et al., 2006). Berikut ini merupakan langkah-langkah dalam penentuan struktur-strukturprotein dan ligannya: Penentuan Sidik Jari Inter aksi Ligan Protein (Protein-Ligand Interaction Fingerprint/PLIF) Sidik jari interaksi protein dengan ligan dibuat dengan menggunakan struktur-struktur protein yang diunduh dari situs RCSB PDB (Protein Data Bank). Seluruh struktur kemudian dibuka pada jendela MOE dandisejajarkan (superpose) sehingga ranta...